El mausoleo de Cisneros bajo un techo mudéjar.
La Capilla de San Ildefonso constituye uno de los espacios más emblemáticos de Alcalá de Henares, testimonio del esplendor universitario que caracterizó a la ciudad durante el Renacimiento. Concebida como iglesia del Colegio Mayor de San Ildefonso y dedicada al patrono de la Archidiócesis de Toledo, fue terminada en 1516 bajo la dirección del maestro constructor Pedro de Gumiel. Su construcción simultánea a la del colegio la convirtió en capilla universitaria de gran importancia, donde se enterraban los más ilustres profesores de la Universidad Complutense, como el lingüista Antonio de Nebrija y el médico Francisco Vallés.
El edificio responde a un estilo renacentista de gran coherencia. Posee planta rectangular con una única nave dividida en dos espacios por un arco, cubierta por un artesonado de orden geométrico mudéjar que se caracteriza por sus particulares armaduras de par y nudillo, lo que confiere una amplitud especial al interior. La fachada principal, obra del maestro cantero Juan Ballesteros ejecutada entre 1599 y 1601, destaca por su portada de sillería blanca diseñada por Rodrigo Gil de Hontañón, que incluye un bajorrelieve representando la imposición de la casulla a San Ildefonso. La espadaña rematada con frontón triangular albergaba originalmente tres campanas fundidas por el Cardenal con bronce de cañones capturados en la conquista de Orán.
La decoración interior fusiona el plateresco con el mudéjar en lo que se conoce como estilo cisneriano. Destacan especialmente las yeserías platerescas, que ocupan cerca de ochocientos metros cuadrados de superficie, y el artesonado de madera policromada que cubre la techumbre con suntuosa elegancia. En el presbiterio se encuentra el sepulcro del Cardenal Cisneros, iniciado por Domenico Fancelli en 1518 y completado en mármol de Carrara por Bartolomé Ordóñez junto con sus discípulos en 1521, considerado una joya del arte funerario renacentista que merecería haber sido rodeado de reja original.
La capilla sufrió despojos durante las leyes desamortizadoras de 1836, perdiendo campanas y su retablo original, que fue reemplazado por otra obra de la escuela navarra. Un cuadro de Juan de Borgoña titulado "La imposición de la casulla a San Ildefonso" fue adquirido por un coleccionista estadounidense en 1962. Tras años de abandono, en 1941 se iniciaron trabajos de restauración que se completaron en 1960. Un ambicioso proyecto de rehabilitación finalizado en 2013 devolvió esplendor a la fachada principal, cubiertas, artesonado, yeserías y rejería de esta joya arquitectónica alcalaína.